Supporting Table S4. Comparison of AM-induced genes of M. truncatula, L. japonicus, O. sativa and P. hybrida;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;Basal level ;;;Expression value;;;;;;; Array sequence ID;Annotation;FC;Plant species;Reference;5W;7W;8W;5W-myc;7W-myc;8W-myc; ;;;; drpoolB-CL687Contig1;Glutathione-S-transferase;VI;Medicago, Lotus;J02, Kü04, H05, Gu09, Gr09;23;31;29;1160.34;750.41;329.49;;;;; cn1688;Delta 9-fatty acid desaturase;V;;;25;34;16;711.37;210.66;582.07;;;;; cn1840;PS60 protein precursor;V;Medicago;H05;21;24;24;538.60;481.03;328.87;;;;; drpoolB-CL4772Contig1;Barwin-related endoglucanase;I;;;20;18;28;482.57;333.96;167.27;;;;; drpoolB-CL6249Contig1;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;60;63;102;432.16;107.60;92.58;;;;; drpoolB-CL206Contig1;Subtilase ;IX;Medicago, Lotus, rice;L03, H05, Gl05, Ki05, Gu09, Gr09;92;109;103;338.95;462.08;138.11;;;;; drpoolB-CL2010Contig1;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;38;23;32;336.87;380.18;139.13;;;;; cn8237;PhPT4;III;Medicago, Rice;H05, L03, Kü04, Gl05;27;47;52;334.96;241.52;114.66;;;;; cn8393;Glutathione S-transferase;VI;Medicago;J02, Kü04, H05, Gu09, Gr09;19;20;14;305.11;370.43;2.07;;;;; cn8660;Class III chitinase ;XIIa;Medicago, Rice;Gl05, H07, Gu09, Gr09;34;35;36;298.17;55.76;130.98;;;;; drpoolB-CL7383Contig1;Legumain;IX;;;45;30;63;294.83;316.06;141.54;;;;; cn384;Legumain;IX;;;65;89;175;279.14;242.66;67.10;;;;; drs21P0008O13.R.ab1;Carboxylesterase;V;;;90;84;38;243.49;285.29;90.60;;;;; drpoolB-CL7288Contig1;ABC transporter ;III;Medicago, Lotus, Rice;F05, Gl05, H05, D07, Gu09;32;29;25;234.62;100.73;285.74;;;;; drpoolB-CL5021Contig1;Serine/threonine protein kinase;X;Medicago, Lotus Rice;H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;43;69;63;221.59;173.31;50.79;;;;; drpoolB-CL8378Contig1;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;36;34;47;221.45;263.77;263.78;;;;; cn1836;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;84;81;142;220.56;149.09;12.98;;;;; drpoolB-CL3666Contig1;MAP3K protein kinase;X;Medicago, Lotus;L03, H05, D07, Gr09;51;162;110;191.02;10.14;2.88;;;;; drpoolB-CL17Contig4;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;143;129;191;163.81;128.00;79.93;;;;; drpoolB-CL7249Contig1;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;19;23;37;157.66;89.27;50.99;;;;; drs21P0005B11.R.ab1;Polyadenylate-binding protein RB47;VIII;;D07;55;92;61;156.14;81.62;244.69;;;;; cn6781;MAP3K protein kinase;X;Medicago, Lotus;L03, H05, D07, Gr09;114;470;948;128.00;8.88;3.01;;;;; dr001P0010H09.F.ab1;Lypolitic enzyme GDSL;V;Rice;Gl05;28;19;33;117.84;204.98;27.97;;;;; drpoolB-CL542Contig1;Glycoside hydrolase;V;Medicago;Gr09;153;108;149;117.45;67.35;125.46;;;;; cn1620;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;60;61;82;113.06;209.03;179.51;;;;; drpoolB-CL3731Contig1;Pathogenesis-related protein PR10;XIIa;Medicago;H05, Gr09;109;54;88;106.66;37.97;46.25;;;;; drpoolB-CL4921Contig1;Serine/threonine protein kinase;X;Medicago, Lotus, Rice;H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;25;19;25;103.70;236.03;34.87;;;;; cn8322;Barwin-related endoglucanase;I;;;48;70;67;101.11;24.69;64.60;;;;; SG.SGN-U211400;Phosphatidylinositol transfer protein ;VI;Medicago;H05;18;40;48;97.27;3.94;9.38;;;;; cn6360;Glyoxal oxidase ;V;;;24;31;137;96.23;16.72;5.91;;;;; drpoolB-CL4753Contig1;Glucuronosyl transferase;V;Medicago;H05;69;46;45;91.87;99.61;30.67;;;;; cn1621;Cysteine protease;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, Gl05, D07, Gu09, Gr09;24;41;84;90.10;99.58;57.16;;;;; drs21P0008O21.R.ab1;Cytochrome P450 monooxygenase ;VI;Medicago, Lotus, Rice;Gl05, H05, D07, Gu09, Gr09;33;23;32;87.82;94.72;113.06;;;;; cn8693;proline-rich protein APG ;I;Medicago, Rice;L03, H05, Gl05, Gr09;60;98;40;87.61;157.61;49.15;;;;; cn8323;Barwin-related endoglucanase;I;;;224;211;271;86.53;42.59;65.33;;;;; cn3078;Carotenoid cleavage dioxygenase;VI;Medicago;H05;69;56;41;83.22;47.38;13.38;;;;; drpoolB-CL2127Contig1;Triacylglycerol lipase;V;Medicago;H05;108;129;225;76.33;44.42;58.82;;;;; cn8321;Barwin-related endoglucanase;I;;;355;385;531;66.06;41.97;43.90;;;;; drpoolB-CL7060Contig1;Acyl carrier protein;V;Medicago, Lotus, Rice;Gl05, H05, Gu09;44;44;39;61.07;57.84;3.81;;;;; drpoolB-CL8040Contig1;LRR transmembrane protein kinase ;X;Medicago;H05;38;27;52;59.10;51.30;14.25;;;;; drpoolB-CL8817Contig1;Legumain;IX;;;1015;587;438;56.50;69.19;55.81;;;;; cn4070;Acyl carrier protein;V;Rice, Medicago;Gl05, H05;31;35;36;55.83;50.95;11.29;;;;; drpoolB-CL1202Contig2;Heat shock Hsp70 protein;XIIb;Medicago;J02, H05;45;37;76;52.10;38.72;43.17;;;;; drpoolB-CL2203Contig1;Endopeptidase inhibitor ;IX;Medicago;Kü04;54;53;21;45.12;35.78;4.65;;;;; drpoolB-CL8248Contig1;MAPK phosphatase PMP1;IX;;;26;23;24;43.32;12.89;37.53;;;;; cn5471;Glycerol-3-phosphate dehydrogenase ;V;Medicago, Lotus, Rice;Gl05, H05, Gu09;230;199;488;35.32;27.02;3.19;;;;; drpoolB-CL4672Contig1;Serine carboxypeptidase;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, F05, Gl05, Gu09, Gr09;574;437;399;35.10;54.70;23.85;;;;; dr001P0005J09.F.ab1;Pathogenesis-related protein PR10;XIIa;Medicago;H05;126;102;208;34.15;28.17;32.37;;;;; drpoolB-CL7817Contig1;Universal stress protein;XIIb;;;114;149;51;32.81;2.42;7.04;;;;; drs21P0008K21.R.ab1;Amino acid permease;III;Medicago, Lotus;H05, Gu09;39;34;47;32.75;99.87;34.58;;;;; drpoolB-CL6062Contig1;Anthranilate N-benzoyltransferase ;V;Medicago;H05;23;20;21;29.57;23.59;55.03;;;;; cn2358;Elongation factor 1-alpha;IX;Medicago;H05;39;57;58;28.86;7.08;7.31;;;;; cn8640;Serine carboxypeptidase;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, F05, Gl05, Gu09;299;175;135;27.09;75.71;12.44;;;;; drpoolB-CL5933Contig1;Vacuolar AtPase;III;Medicago, Lotus, Rice;Kü04, Gl05, H05, D07;21;35;31;27.04;13.12;38.91;;;;; cn5733;Glyoxal oxidase ;V;;;178;161;446;25.78;6.26;3.87;;;;; dr004P0004L18.F.ab1;Glycerol-3-phosphate dehydrogenase ;V;Medicago, Lotus, Rice;Gl05, H05, Gu09;1044;621;1920;23.64;21.69;3.22;;;;; drpoolB-CL749Contig1;RuBisCO small subunit;V;Medicago;H05;53;87;78;23.50;23.09;2.11;;;;; DC242974.1;Kinase partner protein;X;;;76;75;179;23.08;4.15;2.40;;;;; EB175059.1;Isoflavonoid glucosyltransferase;VI;Medicago;H05;71;76;279;19.96;37.41;3.34;;;;; DC243381.1;Glycerol-3-phosphate dehydrogenase;V;Medicago, Lotus, Rice;Gl05, H05, Gu09;508;340;1007;17.88;30.82;3.79;;;;; drpoolB-CL9410Contig1;Aquaporine;III;Medicago, Lotus, Rice;J02, Kü04, H05, F05, D07, Gr09;1058;767;3533;17.01;33.49;2.71;;;;; cn2053;RuBisCo activase;V;;;105;170;56;16.94;6.19;7.95;;;;; IP.PHBS012K12u;RING-H2 finger protein;XII;Medicago, Lotus, Rice;L03,H05, F05, Gl05, Gu09;39;25;53;16.82;2.75;4.17;;;;; drpoolB-CL7881Contig1;Glutathione S-transferase;VI;Medicago, Lotus;J02, Kü04, H05, Gu09;321;123;84;16.37;11.77;7.29;;;;; cn704;MADS-box protein;VIII;Medicago;H05;37;49;107;16.08;6.37;3.49;;;;; cn10287;Farnesyltransferase;V;Medicago;H05;26;25;19;16.00;4.71;13.51;;;;; cn7357;Pathogenesis-related protein PR10;XIIa;Medicago;H05;1794;874;731;14.88;37.73;30.40;;;;; cn8236;PhPT5;III;Medicago, Rice;L03, Kü04, Gl05, H05;1736;1106;209;13.97;10.19;34.19;;;;; cn5291;Indole-3-acetic acid-amido synthetase GH3.1 ;VI;Medicago;Gr09;363;410;703;13.69;4.89;6.97;;;;; cn8547;Germin;XIIa;Medicago, Lotus, Rice;Kü04, H05, F05, Gl05, B04, Ki05, Gr09;1499;755;1558;13.16;47.31;2.68;;;;; drpoolB-CL5954Contig1;DNA binding protein;VII;Medicago, Rice;Gl05, H05, Gr09;20;25;25;13.07;5.80;13.22;;;;; cn8455;Glycoside hydrolase;V;Medicago;Gr09;250;180;256;12.73;60.88;67.76;;;;; cn550;Phosphoribulokinase;V;Medicago;H05;26;51;26;12.55;12.68;2.01;;;;; dr001P0020D11.F.ab1;NAC domain protein;VIII;Medicago, Rice;Gl05, H05;86;104;465;10.56;3.94;2.52;;;;; drpoolB-CL42Contig2;Auxin and ethylene responsive GH3-like protein;VI;Medicago, Rice;H05, Gl05, Gr09;1727;2123;5545;10.13;4.87;4.43;;;;; cn9443;Senescence-associated protein;XIIb;;H05;89;100;453;9.76;2.38;3.93;;;;; drpoolB-CL3279Contig1;Serine carboxypeptidase II precursor;IX;Medicago, Lotus;H05, Gu09, Gr09;1681;1075;708;9.21;29.99;15.06;;;;; drpoolB-CL5846Contig1;Haem peroxidase;XIIa;Medicago, Rice;J02,H05, Gl05;350;300;172;7.81;18.53;2.55;;;;; drpoolB-CL7035Contig1;Nucleic acid binding;VII;Medicago, Rice;Gl05, H05;261;255;520;7.32;3.83;4.23;;;;; drpoolB-CL6084Contig1;Serine carboxypeptidase;IX;Medicago, Rice;L03, Kü04, H05, F05, Gl05, Gu09, Gr09;1267;1169;1006;7.20;2.58;3.72;;;;; dr001P0005E24.F.ab1;Phosphatase ;X;Medicago, Rice;L03, H05, Gl05, Gr09;428;238;266;6.92;2.95;4.80;;;;; drpoolB-CL1481Contig1;Haem peroxidase;XIIa;Medicago, Rice;J02, H05, Gl05;1091;597;301;6.51;18.08;2.62;;;;; cn7074;High-affinity K+ transporter;III;Medicago, Lotus;H05, Gu09, Gr09;71;68;43;6.37;13.56;4.70;;;;; drpoolB-CL1111Contig1;Phosphatase;X;Medicago, Rice;L03, H05, Gl05;353;363;225;6.03;4.04;6.91;;;;; cn4501;Beta-N-acetylglucosaminidase;V;Rice;Gl05;1434;861;675;5.97;8.90;4.64;;;;; drpoolB-CL9739Contig1;cytochrome P450;VI;Medicago, Lotus, Rice;J02, Kü04, Gl05, H05, D07, Gu09, Gr09;2727;3714;4098;5.79;2.68;2.12;;;;; cn5749;cytochrome P450;VI;Medicago, Lotus, Rice;J02, Kü04, Gl05, H05, D07, Gu09, Gr09;749;969;887;5.55;2.15;2.20;;;;; cn2051;RuBisCo activase;V;;;103;94;95;5.26;11.35;5.25;;;;; cn4071;Acyl carrier protein;V;Rice;Gl05;57;73;74;4.97;37.88;6.18;;;;; cn8690;DNA repair protein ;VII;Medicago;H05;32;23;22;4.64;5.14;15.26;;;;; dr004P0006H14.F.ab1;Chaperon P13.9 ;VII;Medicago;H05;276;243;100;4.46;4.44;2.28;;;;; drs21P0007L08.R.ab1;Pathogenesis-related protein PR10;XIIa;Medicago;H05, Gr09;2053;1048;805;4.42;29.38;25.11;;;;; drs31P0008F04.R.ab1;Phosphatase-2C;X;Medicago, Lotus, Rice;L03, H05, Gl05, D07, Gr09;39;47;39;4.40;2.33;2.76;;;;; cn6298;pectate lyase P59 precursor ;I;Medicago;H05;31;41;214;4.35;3.12;2.53;;;;; drpoolB-CL6300Contig1;Na:solute symporter protein;III;Lotus, Rice;Gl05, Gu09;331;282;373;4.27;6.75;3.76;;;;; drpoolB-CL5245Contig1;Zinc ion binding protein;XII;Medicago;H05;482;649;1174;4.08;2.27;3.01;;;;; cn8515;Glutathione S-transferase;VI;Medicago, Lotus;J02, Kü04, H05, Gu09, Gr09;20;17;15;4.04;13.80;7.00;;;;; drpoolB-CL9088Contig1;ABC transporter;III;Medicago, Lotus, Rice;F05, Gl05, H05, D07, Gu09;1393;1471;305;3.75;2.59;6.65;;;;; IP.PHBS002E08u;O-glucosyltransferase;V;Medicago, Lotus, Rice;L03, H05, Gl05, Gu09;77;66;126;3.74;2.33;3.11;;;;; cn8240;PhPT3;III;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, Gl05, Gu09;2407;1508;436;3.69;5.92;11.56;;;;; IP.PHBS003E24u;UDP-glucose:salicylic acid glucosyltransferase ;VI;Rice;Gl05;690;1134;1633;3.57;3.06;3.32;;;;; drpoolB-CL8559Contig1;ABC transporter;III;Medicago, Lotus, Rice;F05, Gl05, H05, D07, Gu09;1314;1228;218;3.50;2.80;6.51;;;;; cn1096;pectinacetylesterase precursor ;I;Medicago, Lotus;D07, H05;76;48;504;3.40;4.36;2.51;;;;; drpoolB-CL4326Contig1;ABC transporter;III;Medicago, Rice;F05, Gl05, H05, D07, Gu09;1346;1254;522;3.24;2.28;3.23;;;;; cn8259;cytochrome P450 monooxygenase ;VI;Medicago, Lotus, Rice;J02, Kü04, Gl05, H05,D07, Gu09, Gr09;2299;2916;1318;3.20;3.08;3.32;;;;; cn2073;11S globulin;VI;;;57;43;59;3.12;2.79;2.60;;;;; drpoolB-CL8741Contig1;Serine carboxypeptidase;IX;Medicago, Lotus, Rice;L03, Kü04, H05, F05, Gl05, Gu09, Gr09;4408;3586;1325;3.06;3.12;2.94;;;;; cn6368;GTP-binding protein;IX;Medicago, Lotus;D7, H05, Gu09;255;180;216;2.93;2.25;2.18;;;;; SG.SGN-U211759;Heavy metal-induced protein ;XIIb;;;118;174;390;2.75;2.81;3.02;;;;; cn7786;Homeodomain protein HOX3;VII;Medicago, Lotus;H05, D07, Gr09;29;25;25;2.63;4.91;2.94;;;;; drpoolB-CL4947Contig1;Polyubiquitin ;IX;Medicago;L03, H05;1245;1454;1210;2.62;2.95;6.25;;;;; dr001P0014H02.F.ab1;Calmodulin binding protein ;VI;Medicago;H05;596;250;327;2.60;3.73;2.04;;;;; cn10012;Pathogenesis-related protein PR10;XIIa;Medicago;H05, Gr09;3004;1719;955;2.55;7.07;3.58;;;;; cn3456;Cationic amino acid transmembrane transporter;III;Medicago, Lotus;H05, Gu09, Gr09;5213;3566;3406;2.43;2.97;2.37;;;;; cn1519;Ring zinc finger protein;XII;Medicago, Lotus, Rice;L03, H05, F05, Gl05, Gu09;228;301;253;2.15;6.27;3.09;;;;; DC243638.1;6-phosphofructokinase;V;Medicago, Lotus;H05, Gu09;48;22;27;2.10;4.83;2.22;;;;; drpoolB-CL7273Contig1;Thioredoxin ;V;Medicago;H05, Gr09;165;129;244;2.08;2.16;4.11;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;; Abbreviations: ;;;;;;;;;;;;;;; B04: Brechenmacher et al., 2004;;;;;;;;;;;;;;; D07: Deguchi et al., 2007;;;;;;;;;;;;;;; F05: Frenzel et al., 2005;;;;;;;;;;;;;;; Gl05: Güimil et al., 2005;;;;;;;;;;;;;;; Gu09: Guether, et al., 2009;;;;;;;;;;;;;;; Gr09: Grunwald et al., 2009;;;;;;;;;;;;;;; J02: Journet et al., 2002;;;;;;;;;;;;;;; H05:Hohnjec et al., 2005;;;;;;;;;;;;;;; Ki05: Kistner et al., 2005;;;;;;;;;;;;;;; Kü04: Küster et al., 2004;;;;;;;;;;;;;;; L03: Liu et al., 2003;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;; ;;;;;;;;;;;;;;; List includes all AM-specific and AM-induced genes, which could be annotated;;;;;;;;;;;;;;;